En la ciudad portuaria de Koto, situada en una isla del este de Asia y dividida en trece distritos, se esconde un oscuro submundo de barrios marginales, mercados negros, sectas y asesinos. Un día, las doce bandas más poderosas de la ciudad desaparecen repentinamente, dejando solo a la Asociación Kyoukakai, compuesta por una misteriosa chica de pelo blanco y... un pingüino.